tous les fichiers que vous dites apparaissent quand on regarde les fichiers cachers et ceux proteger par windows.
je pense plutot que c'est l'indexation des fichiers qui deconne windows c'est planter dans l espace libre mais il est bien la.
pour ca fait ce qui est di plus heut
fait executer puis chkdsk c: /f
et voila au redemarrage windows verifie ta partition C: et en entiere pas seulement l integriter de tes fichier (il ne fait pas de teste physique du disque).